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家兔肌肉组织miRNA Solexa测序与生物信息学分析

作者: 张翔宇 邝良德 李丛艳 张翠霞 郑洁 杨超 任永军 郭志强 唐丽

关键词: 家兔 肌肉 高通量测序 miRNA

摘要:miRNA是一类长度约22 bp的小分子非编码RNA,在骨骼肌生长和肌细胞分化过程中起着重要的调控作用.利用Solexa测序技术对3只84日龄成年公兔的腿肌进行了miRNA测序,旨在评估高通量测序在发掘家兔miRNA中的数据质量以及解析家兔肌肉组织中miRNA的生物学特征.结果表明,除前4位碱基的错误率略高于0.5%外,其他位置的碱基错误率均低于0.5%,说明测序质量好、可信度高,获得的序列可用于后续miRNA的鉴定分析.纯净序列中其他类型RNA的比例仅占2.07%.肉兔肌肉中18~24 nt的小RNA首位碱基以U为主,其次为碱基A,具有很强的偏向性.miRNA序列长度主要分布在20~24 nt范围内,占纯净序列的90%以上.miRNA长度分布的不平衡和首位碱基的偏向性可能与miRNA的作用机理和具体生物学功能有关.


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